兒童發展評估是一項高度專業且高人力成本之臨床團隊評估，需要多領域專業人員參與，同時應有適合兒童個別需要之評估模式與整合性的流程規劃，避免家長來回奔波。因此，為提供疑似發展遲緩兒童可近性服務據點，以及時接受發展評估，並縮短等待聯合評估時間，掌握早期療育契機，衛生福利部國民健康署自92年委託台東馬偕紀念醫院設置「兒童發展聯合評估中心」。
為強化醫院與早期療育相關機構在兒童發展聯合評估業務的夥伴合作關係，
提供可近性及有品質的兒童發展聯合評估服務。醫院逐步發展歷程如下：
民國89年成立「兒童早期療育復健教室」 。
民國90年接任台東縣社會處「兒童早期療育個案管理業務」 。
民國92年接受國民健康署委託辦理「兒童發展聯合評估中心計畫」 。
民國92年成立台東縣第一家「兒童發展聯合評估中心」 。
民國103年醫療大樓落成寬敞的評估教室超過百坪。
為提供發展遲緩兒童完善之評估及療育服務，聯合評估中心設置單一服務窗口，
有專責個案管理師受理疑似發展遲緩兒童，並組成專業隊提供兒童診察、評估與檢查服務，及向家長說明「綜合報告書」內評估結果與後續療育建議。 有關疑似發展遲緩兒童之專業評估包括小兒神經科、復健科、小兒科、眼科、耳鼻喉科、物理治療、職能治療、語言治療、臨床心理、社會工作及聽力等。台東馬偕紀念醫院在地提供早療服務之卓越貢獻：
唯一的區域級教學醫院，兒童專科科別完整。
第一家兒童發展聯合評估中心。